Nach der Gründung der k.k. Franz-Josephs-Universität in Czernowitz 1875 wurde er als ordentlicher Professor für Theologie an die Universität berufen, wo er bis zu seinem Tod 1888 tätig war. 1875/76 und 1882/83 war er Dekan der Theologischen Fakultät und 1877/78 war er nach Constantin Tomaszczuk und Ferdinand von Zieglauer der dritte Rektor der Czernowitzer Universität. Am 4. Oktober 1877 hielt er seine Antrittsrede zum Thema "Dass die Theologie den anderen Wissenschaften nicht feindlich gegenüberstehe, sondern ebenbürtig unter ihnen, dass die Theologie daher sowie die anderen eine progressive Wissenschaft sei". 1879 wurde ihm eine Ehrendoktorwürde verliehen. Mitrofanowicz war zwischen 1880 und 1885 als Vertreter der Großgrundbesitzer der Bukowina Abgeordneter im österreichischen Reichsrat. Er engagierte sich im wissenschaftlichen Bereich und gab die religiöse Zeitschrift „Candela“ heraus. Seine Schriften befinden sich in der Niedersächsischen Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen. Mitrofanowicz war Mitglied des Vorstandes der Gesellschaft für die rumänische Kultur und Literatur in der Bukowina. Er starb am 21. August 1888 im böhmischen Marienbad.

Text: Kateryna Stetsevych